История Афона, как и всего полуострова Халкидики, свидетельствует о том, что человек поселился там в глубокой древности. Красота афонской природы, мягкий климат полуострова Халкидики и удивительный рельеф его местности способствовали ведению здесь уединённой жизни. Первыми известными жителями полуострова были фракийцы. В V веке до н. э. к ним присоединились греки из Халкидики, благодаря которым произошла эллинизация местных жителей. Основным родом деятельности их являлось сельское хозяйство, животноводство и рыболовство.
В период македоно-персидских войн Александр Македонский, воодушевлённый своими военными успехами, вынашивал идеи создания разного рода монументов для увековечивания подвигов своей победоносной армии. Зная об этом и желая завоевать благосклонность царя, молодой архитектор по имени Дейнократ, предложил высечь из горы Афон огромную статую. По сообщению Витрувия, Дейнократ так описал свою идею Александру:
«…Я составил проект сделать из горы Афон изваяние в виде мужа, в левой руке которого бы находился укрепленный город, а в правой — чаша, вбирающая воду всех находящихся на горе потоков, чтобы из неё она вытекала в море…».
Александру Македонскому понравился необычный замысел Дейнократа, но от реализации такого проекта он всё же отказался. Дейнократ же остался при царе и впоследствии составил проект планировки Александрии Египетской. После смерти Александра Македонского, правитель Македонии Кассандр основал где-то поблизости от горы Афон город Уранополь, что значит «Небесный», в честь Урана — греческого божества, считавшегося покровителем неба. Сейчас название Уранополь носит небольшое поселение, находящееся у самой границы «монашеской республики».
Превращение Афона в исключительно монашеское обиталище произошло после Трулльского Собора (Константинополь, 691—692 гг.), постановившего в частности (Правила 18 и 42) в отношении скитающихся «пустынников»