Каждый зал пещеры по-своему неповторим и красиво подсвечен.
Зал Махаджиров. Самый большой зал пещеры назван в честь памяти махаджиров — абхазов, которые были насильственно переселены в Турцию и страны Ближнего Востока. Среди нагромождения темных камней пещеры высится Белая гора. Возле горы — белые столбики нарождающихся сталагмитов, чуть дальше — темная впадина с желтыми клыками известняковых глыб. Иногда здесь можно увидеть холодное мутноватое озеро. Кальцитовый пол боковой галереи местами разрывается, и в отверстиях можно разглядеть второе дно, по которому почти бесшумно бежит прозрачный ручей.
Зал «Нартаа». Зал покрыт глиняными пластами. В самой нижней точке зала, на отметке 36 м над уровнем моря, находится «живое» озеро пещеры — в нем обитают колонии рачков. В трещинах глиняного пола водится жук трехус, у которого нет глаз. На южной стене зала можно увидеть причудливые фигуры из камней. Возле зала «Нартаа» находится Кораллитовая галерея, стены которой покрыты кораллитами — снежно-белыми шариками, прилепившимися друг к другу сотнями тысяч.
Зал Спелеологов. Зал имени Гиви Смыр. Зал «Спелеологов» — самый высокий зал пещеры, его высота достигает 97 м. От круглого дна зала, заваленного глыбами, вверх поднимаются отвесные стены, на огромной высоте сходящиеся в купол. Каменный свод зала испещрен множеством тектонических трещин и овальными отверстиями. Это — вскрытые древними обвалами жерла карстовых колодцев, так называемые «органные трубы» — нижняя часть карстовых систем, через которые в пещеру поступают вода и воздух. В этом зале обитают летучие мыши — сравнительно низкая влажность воздуха и умеренная температура создают для них благоприятные условия. В южной части зала Спелеологов — проход в зал имени Гиви Смыр, который расположен выше других залов пещеры. Пол зала покрыт застывшими волнами известняка кремового цвета. Самое главное украшение зала — великолепная каменная медуза.
Зал «Аюхаа». Протяженность зала с севера на юг — более 100 м. Вдоль темно-желтых десятиметровых стен зала по всей длине протянулись черные горизонтальные полосы — углубления в скале, заполненные глинистыми частицами. Такие трещины в известняке отделяют древние нижние пласты от более молодых верхних. Но и те, и другие образовались сотни миллионов лет назад. Зал украшают сотни сталагмитов из полупрозрачного оранжевого и красного кальцита.
Зал «Апхярца». Средоточием гармонии звуков избрала Природа зал «Апхярца». Голос человека или музыкальная нота, звучащие под его овальным куполом, обретают удивительную насыщенность и глубину, расцвечиваются богатыми красками обертонов. В зале звучит музыка, иногда артисты Абхазской государственной хоровой капеллы дают концерты, исполняя абхазские народные песни.
Зал «Апсны». Перед входом в зал располагается четырехметровый сталагмит, а в самом зале — необычный пещерный «водопад». С тридцатиметровой высоты из отверстия в высокой отвесной стене «падает» огромный застывший каменный вал. По гладкой поверхности кальцитовых «волн» струится вода. В этом зале всегда максимальная влажность воздуха.
Зал «Анакопия». Напоследок пещера припасла самое потрясающее зрелище — пещерный водопад в зале «Анакопия», каких не бывает на земной поверхности. Из отверстия в высокой отвесной стене с тридцатиметровой высоты падает в зал огромный, навсегда застывший каменный вал. Его тяжелые «струи», почти разрываясь на огромные капли, устремляются к земле и останавливаются, не достигая ее каких-нибудь два метра. По гладкой волнистой поверхности кальцитового водопада струится самая настоящая вода. Самый нижний зал Новоафонской пещеры имеет длину 150 м, ширину 50 м, высоту более 20 м. Здесь находятся два подземных озера — Анатолия и Голубое. Зеркало озер лежит на отметке 36 м над уровнем моря, их средняя глубина — более 25 м. Когда-то уровень воды в озерах поднимался, и воды затапливали большую часть зала. Сохранились следы этих наводнений — темно-коричневые горизонтальные полосы от поверхности озер почти до потолка. Теперь пещерные воды выходят через водоотводный туннель в ущелье реки Маниквара.
Геликтитовый грот отличается удивительной красотой редких натечных форм. Стена покрыта искрящимся белым кальцитом, а на ее фоне высятся оранжевые, сиреневые, зеленоватые и желтые сталагмиты. Узорчатый пол состоит из множества мелких ванночек с тонкими стенками. Главное богатство грота — геликтиты или эксцентрические сталактиты. До сих пор неясно, почему эти загадочные пещерные упрямцы растут вопреки силе тяжести вверх, вбок, немыслимым зигзагом, но только не вниз. Потолок грота покрыт тысячами мелких геликтитов самых разных цветов — от темно-красного до светло-розового. Некоторые достигают более 10 см в длину. Экскурсии в гроте не проводятся, так как присутствие человека меняет температуру и влажность воздуха, что может привести к их гибели.